Investigation of the structural preference and flexibility of the loop residues in amyloid fibrils of the HET-s prion

文献情報

出版日 2016-01-18
DOI 10.1039/C6CP00057F
インパクトファクター 3.676
著者

Jožica Dolenc, Beat H. Meier, Victor H. Rusu, Wilfred F. van Gunsteren


原文を見る

要旨

The structural variability of a 16-residue loop (residues 246–261) which is in part disordered and connects two layers of the β-solenoid formed by the prion-form of HET-s and its prion domain HET-s(218–289) is investigated using molecular dynamics computer simulation. A system of three HET-s(218–289) molecules in a β-sheet structure as in the fibril is simulated in aqueous solution. The trajectory structures appear to be consistent with the Cα chemical shift data obtained. In order to delineate the influence of the β-sheet core of the fibril upon the structural variability of the loop, the latter is also simulated without the β-sheet core, but with its N- and C-terminal residues restrained at their positions in the fibril. The analysis of the trajectories shows that the structural variability of the loop is restricted by the β-sheet core, least at its N-terminal end and most in the middle of the trimer.

関連文献

Particle nucleation in high solids nitroxide mediated emulsion polymerization of n-butyl acrylate with a difunctional alkoxyamine initiator

Mary E. Thomson, Jason S. Ness, Scott C. Schmidt, Noah Macy, Timothy F. L. McKenna, Michael F. Cunningham

2013-01-04 Paper

DOI: 10.1039/C2PY21003G

Synthesis, self-assembly and (absence of) protein interactions of poly(glycerol methacrylate)–silicone macro-amphiphiles

Ghislaine Robert-Nicoud, Robert Evans, Cong-Duan Vo, Christopher J. Cadman

2013-04-03 Paper

DOI: 10.1039/C3PY00273J

Towards high-performance heterogeneous palladium nanoparticle catalysts for sustainable liquid-phase reactions

Beau Van Vaerenbergh, Jeroen Lauwaert, Pieter Vermeir, Joris W. Thybaut, Jeriffa De Clercq

2020-07-09 Review Article

DOI: 10.1039/D0RE00197J

Synthesis of amidoxime functionalized cellulose derivatives as a reducing agent and stabilizer for preparing gold nanoparticles

Ruigang Liu, Hongliang Kang, Yunming Sun, Fengying Dong

2013-02-05 Paper

DOI: 10.1039/C3PY00052D

Controlled thiol–ene post-polymerization reactions on polyferrocenylsilane homopolymers and block copolymers

Laurent Chabanne, Stefan Pfirrmann, David J. Lunn, Ian Manners

2013-02-13 Paper

DOI: 10.1039/C3PY21129K

One-pot controlled synthesis of double thermoresponsive N-vinylcaprolactam-based copolymers with tunable LCSTs

Anthony Kermagoret, Charles-André Fustin, Maxime Bourguignon, Christophe Detrembleur, Christine Jérôme, Antoine Debuigne

2013-02-18 Paper

DOI: 10.1039/C3PY00134B

Polymerization behaviors and polymer branching structures in ATRP of monovinyl and divinyl monomers

Hongjun Yang, Xiaoqiang Xue, Bibiao Jiang, Jianhai Chen, Yang Yang, Hongting Pu, Yun Liu, Dongliang Zhang, Lizhi Kong, Guangqun Zhai

2013-04-03 Paper

DOI: 10.1039/C3PY00338H

New insights into radical and cationic polymerizations upon visible light exposure: role of novel photoinitiator systems based on the pyrene chromophore

Mohamad-Ali Tehfe, Frédéric Dumur, Emmanuel Contal, Bernadette Graff, Fabrice Morlet-Savary, Didier Gigmes, Jean-Pierre Fouassier, Jacques Lalevée

2012-12-07 Paper

DOI: 10.1039/C2PY20950K

Self-assembly of amphiphilic random co-poly(ionic liquid)s: the effect of anions, molecular weight, and molecular weight distribution

Jiangna Guo, Yinxia Zhou, Lihua Qiu, Chao Yuan, Feng Yan

2013-05-09 Paper

DOI: 10.1039/C3PY00460K

こちらもおすすめ

化合物よくある質問

2,5-二羧基氟苯の市場動向や研究トレンドはどうですか?

2,5-二羧基氟苯の市場は、主に医薬品および農薬の研究開発において伸長しています。一方、環境への影響や安全性の懸念から、その使用は一定の制限が置かれています。今...

3906-87-42-Fluoroterephthalic...
化合物よくある質問

8-甲基-2-噻吩-2-基-喹啉-4-羧酸を含む廃棄物はどのように処理すべきですか?

8-甲基-2-噻吩-2-基-喹啉-4-羧酸を含む廃棄物は専門的な廃棄処理が必要です。具体的には、廃棄物は密閉の容器に収集し、適切な危険物対策を講じて専門業者に引...

33289-45-18-Methyl-2-(2-thieny...
化合物よくある質問

2,4-二氯-6-甲基5-嘧啶甲醛の主な用途は何ですか?

2,4-二氯-6-甲基5-嘧啶甲醛は、主に薬品の合成材料として使用され、また農薬や染料の製造にも用いられます。

933686-24-92,4-Dichloro-6-methy...
化合物よくある質問

レターメビールとは何ですか?

レターメビールは化学物質で、CAS番号917389-32-3です。主な用途は抗ウイルス薬として医薬品に使用されます。

917389-32-3Letermovir
化合物よくある質問

2-(1,3-二氧杂烷-2-基)噻唑の物理化学的性質は何ですか?

CAS番号24295-04-3の2-(1,3-二氧杂烷-2-基)噻唑は、結晶形態により白色粉末を呈します。分子量は208.23 g/molであり、水に溶けにくい...

24295-04-32-(1,3-Dioxolan-2-yl...
化合物よくある質問

L-beta-高酪氨酸塩酸塩は安全ですか?

L-beta-高酪氨酸塩酸塩自体は毒性は低く、しかし使用する際は適切な個人保護具を使用し、誤飲や皮膚への接触を避けることが推奨されます。

336182-13-9(3S)-3-Amino-4-(4-hy...
化合物よくある質問

睡茄灯笼草素Cはどのように合成されますか?

睡茄灯笼草素Cは、シクラメンケチャナfromaceaeから抽出する方法や、化学合成法で合成することができます。典型的な化学合成法では、3β,22-二オキシエクス...

81644-34-0(6beta,17alpha,22R)-...
化合物よくある質問

4-(嘧啶-2-基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯はどのように保存すればよいですか?

4-(嘧啶-2-基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯は直射日光を避けて、室温で保存するのが良いです。湿度を避けて密閉容器に入れて保管し、未使用の状態で長期保存することができ...

780705-64-82-Methyl-2-propanyl ...
化合物よくある質問

NBI-74330の主な用途は何ですか?

NBI-74330は主に薬理学研究および医療用途に使用されています。その主な用途は抗がん作用を有するため、がん治療の研究に使用されています。

855527-92-3N-{(1R)-1-[3-(4-Etho...
化合物よくある質問

6-トリフルオロメチル-2-クロロピリジン-4-ボリリック酸はどのように合成されますか?

6-トリフルオロメチル-2-クロロピリジン-4-ボリリック酸は、6-トリフルオロメチル-2-クロロピリジンとボリルリチウムを触媒なしで反応させることで合成するこ...

1446486-10-7[2-Chloro-6-(trifluo...

掲載誌

Physical Chemistry Chemical Physics

Physical Chemistry Chemical Physics
CiteScore: 5.5
自己引用率: 10.3%
年間論文数: 3036

Physical Chemistry Chemical Physics (PCCP) is an international journal co-owned by 19 physical chemistry and physics societies from around the world. This journal publishes original, cutting-edge research in physical chemistry, chemical physics and biophysical chemistry. To be suitable for publication in PCCP, articles must include significant innovation and/or insight into physical chemistry; this is the most important criterion that reviewers and Editors will judge against when evaluating submissions. The journal has a broad scope and welcomes contributions spanning experiment, theory, computation and data science. Topical coverage includes spectroscopy, dynamics, kinetics, statistical mechanics, thermodynamics, electrochemistry, catalysis, surface science, quantum mechanics, quantum computing and machine learning. Interdisciplinary research areas such as polymers and soft matter, materials, nanoscience, energy, surfaces/interfaces, and biophysical chemistry are welcomed if they demonstrate significant innovation and/or insight into physical chemistry. Joined experimental/theoretical studies are particularly appreciated when complementary and based on up-to-date approaches.

おすすめ化合物

おすすめサプライヤー

免責事項
このページに表示される学術雑誌情報は、参考および研究目的のみを目的としています。当社は雑誌出版社とは提携しておらず、投稿の取り扱いも行っておりません。出版に関するお問い合わせは、各雑誌出版社に直接ご連絡ください。
表示されている情報に誤りがある場合は、support@chemtradehub.com までご連絡ください。迅速に確認し、対応いたします。