Accurate structure, thermodynamic and spectroscopic parameters from CC and CC/DFT schemes: the challenge of the conformational equilibrium in glycine

文献情報

出版日 2013-04-02
DOI 10.1039/C3CP50439E
インパクトファクター 3.676
著者

Vincenzo Barone, Malgorzata Biczysko, Cristina Puzzarini


原文を見る

要旨

The structures, relative stabilities, and infrared spectra of the six low-energy conformers of glycine have been characterized using a state-of-the-art quantum-mechanical approach allowing the bond distances, conformational enthalpies and vibrational frequencies to be determined well within the chemical accuracy. Transition state structures governing interconversion among the different energy minima have also been characterized. In detail, the gas-phase thermodynamic properties (at 15 K and 410 K) of the glycine conformers considered have been obtained with a 1 kJ mol−1 accuracy, and it has been shown that the employment of DFT geometries usually reduces such accuracy by at most 0.1 kJ mol−1. Regarding molecular structures, the use of two different composite schemes allowed us to further confirm the suitability of a rather cost-effective approach and provide geometrical parameters with an overall accuracy better than 0.002 Å for distances and 1 degree for angles. Thanks to a hybrid CC/DFT approach, the infrared spectra of all conformers considered and of several deuterated isotopologues have been reproduced (when experimental data were available) or predicted with an accuracy of 10 cm−1. Finally, the joint thermodynamic and spectroscopic investigation allowed us to shed some light on the possible observation of elusive conformers. On the whole, the high accuracy of the computational results allows us to draw a fully consistent interpretation of the available experimental data and to obtain a more complete characterization of the potential energy surface of glycine.

関連文献

Molecular dynamics simulation of NMR powder lineshapes of linear guests in structure I clathrate hydrates

H. Mohammadi-Manesh, Saman Alavi, Tom K. Woo, Bijan Najafi

2010-11-16 Paper

DOI: 10.1039/C0CP01920H

Front cover

Cover

DOI: 10.1039/C0CP90115F

Two-stage phase separation in ternary colloid–polymer mixtures

Juan Zhou, Jeroen S. van Duijneveldt, Brian Vincent

2010-10-26 Communication

DOI: 10.1039/C0CP01523G

Inside front cover

Front/Back Matter

DOI: 10.1039/C0CP90116D

Density functional theory for strongly-interacting electrons: perspectives for physics and chemistry

Paola Gori-Giorgi, Michael Seidl

2010-10-01 Perspective

DOI: 10.1039/C0CP01061H

Acid–base thermochemistry of gaseous aliphatic α-aminoacids

Guy Bouchoux, Sihua Huang, Bhawani Singh Inda

2010-10-29 Paper

DOI: 10.1039/C0CP00775G

Rotamer libraries of spin labelled cysteines for protein studies

Yevhen Polyhach, Enrica Bordignon, Gunnar Jeschke

2010-11-30 Paper

DOI: 10.1039/C0CP01865A

Reconstruction and stability of β-cristobalite 001, 101, and 111 surfaces during dehydroxylation

Xavier Rozanska, Françoise Delbecq, Philippe Sautet

2010-10-15 Paper

DOI: 10.1039/C0CP00287A

Water as a solute: competitive shell formation in (He,Ne) mixed microdroplets

F. Marinetti, F. A. Gianturco

2010-11-30 Paper

DOI: 10.1039/C0CP01342K

こちらもおすすめ

化合物よくある質問

オステニ二甲磺酸塩に適用される法規ガイドラインは何ですか?

オステニ二甲磺酸塩は、GHS分類に基づき corrosive 物質として分類されます。REACH規則では、該当物質の登録が要求される可能性があります。また、FD...

2070014-82-1N-(2-{[2-(Dimethylam...
化合物よくある質問

環丁基肼盐酸盐は安全ですか?

環丁基肼盐酸盐は毒性があり、吸入や皮膚接触は有害です。使用時の安全対策として、密閉システムを使用し、適切な排気設備を備えた場所で作業することが推奨されます。

1156980-49-2Cyclobutylhydrazine ...
化合物よくある質問

N-(4-パリドン基ソニルフェニル)硫代イソシアネートを取り扱う際の実験室安全事項は何ですか?

N-(4-パリドン基ソニルフェニル)硫代イソシアネートは高毒性で、皮膚や吸入による毒性があります。取り扱う際は防毒マスク、保護用手袋、保護眼鏡などのPPEを着用...

7356-55-01-[(4-Isothiocyanato...
化合物よくある質問

5-ヒドロキシ-1,3-ジヒドロ-2H-インドン-2-酮の物理化学的性質は何ですか?

CAS番号3416-18-0の5-ヒドロキシ-1,3-ジヒドロ-2H-インドン-2-酮は、結晶性の白色粉末です。分子量は228.25であり、 aqueous m...

3416-18-05-Hydroxy-1,3-dihydr...
化合物よくある質問

O-苄基-D-丝氨醇はどのように合成されますか?

O-苄基-D-丝氨醇は、D-アミノ酸とベンゼン環の経由で合成されます。触媒としてジメチルアミノピリジンが使用され、選択性は高いです。一般的な収率は約90%です。

58577-88-1(s)-2-Amino-3-benzyl...
化合物よくある質問

ナトリウム3-ヒドロキシbutano酸とは何ですか?

ナトリウム3-ヒドロキシbutano酸は、CAS番号13613-65-5で登録されている化合物です。この化合物は、(3R)-3-ヒドロキシbutano酸とナトリ...

13613-65-5sodium;(3R)-3-hydrox...
化合物よくある質問

1-(二苯甲基)-4-甲基ベンゼンの物理化学的性質は何ですか?

CAS番号603-37-2の1-(二苯甲基)-4-甲基ベンゼンは、結晶性の固体で、分子量は244.28であり、水中的には微溶です。この化合物は有機反応において中...

603-37-21-(Diphenylmethyl)-4...
化合物よくある質問

ネアミン塩酸塩の物理化学的性質は何ですか?

ネアミン塩酸塩の分子量は321.19であり、結晶性の白色粉末です。この化合物は水に溶けやすく、pHが低くなると不溶性になります。反応活性は高く、水溶液中の酸化還...

15446-43-2NEAMINE HYDROCHLORID...
化合物よくある質問

偶氮二甲酰二哌啶の主な用途は何ですか?

偶氮二甲酰二哌啶は、医薬品、染料、高 Então 剤、触媒、溶媒、量論試薬など、様々な分野で使用されています。特に、高 Enough 反応において、グリコール酸...

10465-81-3(E)-1,2-Diazenediylb...
化合物よくある質問

LF3はどのように保存すればよいですか?

LF3は直射日光を避けて暗所で、温度は常温以下の環境で保存し、密栓容器に入れて保管してください。

664969-54-44-[(2E)-3-Phenyl-2-p...

掲載誌

Physical Chemistry Chemical Physics

Physical Chemistry Chemical Physics
CiteScore: 5.5
自己引用率: 10.3%
年間論文数: 3036

Physical Chemistry Chemical Physics (PCCP) is an international journal co-owned by 19 physical chemistry and physics societies from around the world. This journal publishes original, cutting-edge research in physical chemistry, chemical physics and biophysical chemistry. To be suitable for publication in PCCP, articles must include significant innovation and/or insight into physical chemistry; this is the most important criterion that reviewers and Editors will judge against when evaluating submissions. The journal has a broad scope and welcomes contributions spanning experiment, theory, computation and data science. Topical coverage includes spectroscopy, dynamics, kinetics, statistical mechanics, thermodynamics, electrochemistry, catalysis, surface science, quantum mechanics, quantum computing and machine learning. Interdisciplinary research areas such as polymers and soft matter, materials, nanoscience, energy, surfaces/interfaces, and biophysical chemistry are welcomed if they demonstrate significant innovation and/or insight into physical chemistry. Joined experimental/theoretical studies are particularly appreciated when complementary and based on up-to-date approaches.

おすすめサプライヤー

免責事項
このページに表示される学術雑誌情報は、参考および研究目的のみを目的としています。当社は雑誌出版社とは提携しておらず、投稿の取り扱いも行っておりません。出版に関するお問い合わせは、各雑誌出版社に直接ご連絡ください。
表示されている情報に誤りがある場合は、support@chemtradehub.com までご連絡ください。迅速に確認し、対応いたします。