Protein flexibility reduces solvent-mediated friction barriers of ligand binding to a hydrophobic surface patch
文献情報
Christopher Päslack, Lars V. Schäfer, Matthias Heyden
Solvent fluctuations have been explored in detail for idealized and rigid hydrophobic model systems, but so far it has remained unclear how internal protein motions and their coupling to the surrounding solvent affect the dynamics of ligand binding to biomolecular surfaces. Here, molecular dynamics simulations were used to elucidate the solvent-mediated binding of a model ligand to the hydrophobic surface patch of ubiquitin. The ligand's friction profiles reveal pronounced long-time correlations and enhanced friction in the vicinity of the protein, similar to idealized hydrophobic surfaces. Interestingly, these effects are shaped by internal protein motions. Protein flexibility modulates water density fluctuations near the hydrophobic surface patch and smooths out the friction profile of ligand binding.
関連文献
Direct force measurements between silica particles in aqueous solutions of ionic liquids containing 1-butyl-3-methylimidazolium (BMIM)
Valentina Valmacco, Gregor Trefalt, Plinio Maroni, Michal Borkovec
DOI: 10.1039/C5CP02292D
Room-temperature ferromagnetism in Co doped MoS2 sheets
ZhongCheng Xiang, Zhong Zhang, XiJin Xu, Qin Zhang, QingBao Wang, Chengwu Yuan
DOI: 10.1039/C5CP01509J
Cation-assisted interactions between N-heterocycles and CO2
Huarong Tang, Dongmei Lu, Chao Wu
DOI: 10.1039/C5CP01793A
Correction: Intermolecular network analysis of the liquid and vapor interfaces of pentane and water: microsolvation does not trend with interfacial properties
Yasaman Ghadar, Aurora E. Clark
DOI: 10.1039/C5CP90093J
Nature's lessons in design: nanomachines to scaffold, remodel and shape membrane compartments
Paul A. Beales
DOI: 10.1039/C5CP00480B
Direct measurement of DNA-mediated adhesion between lipid bilayers
S. F. Shimobayashi, B. M. Mognetti, L. Parolini, D. Orsi, P. Cicuta, L. Di Michele
DOI: 10.1039/C5CP01340B
Supramolecular amphipathicity for probing antimicrobial propensity of host defence peptides
Jascindra Ravi, Angelo Bella, Ana J. V. Correia, Baptiste Lamarre, Maxim G. Ryadnov
DOI: 10.1039/C5CP01185J
Intriguing emission properties of triphenylamine–carborane systems
So-Yoen Kim, Yang-Jin Cho, Guo Fan Jin, Won-Sik Han, Ho-Jin Son
DOI: 10.1039/C5CP01658D
Stable p-type properties of single walled carbon nanotubes by electrochemical doping
Chang-Soo Park, Cheol Jin Lee, Eun Kyu Kim
DOI: 10.1039/C5CP01667C
こちらもおすすめ
カルボニル基が付いた5-氰基-1-{[(2-メチル-2-プロpanyl)オキシ]カーボンイル}1H-吲哚-2-イリド-2-ボリン酸はどのように保存すればよいですか?
カルボニル基が付いた5-氰基-1-{[(2-メチル-2-プロpanyl)オキシ]カーボンイル}1H-吲哚-2-イリド-2-ボリン酸は、直射日光を避けて室温(15...
tert-ブチル2-クロロメチルピリジン-3-基炭酸エステルの市場動向や研究トレンドはどうですか?
この化合物は合成化学分野において、特にピリジン化合物の合成や改良に用いられます。最近の研究では、ピリジン化合物の新規合成法や特性の改良が注目されています。市場動...
聚二季戊四醇六丙烯酸酯はどの業界で使用されていますか?
聚二季戊四醇六丙烯酸酯は、医薬品、ポリマー、センサー、半導体などの業界で広く使用されています。特にポリマー業界では硬化剤として、医薬分野では医療機器の製造に使用...
1-氯-5-硝基异喹啉の市場動向や研究トレンドはどうですか?
1-氯-5-硝基异喹啉は、薬理学や合成化学の研究分野で注目されています。市場動向としては、その生物学的な活性や合成可能性を評価する研究が増えています。また、代替...
2-チロール-5-メチルスルフェニル-3-trifルオルメチルベンゼンはどのように合成されますか?
2-チロール-5-メチルスルフェニル-3-trifルオルメチルベンゼンは、トリフルオロメチル化反応と硫化反応を経て合成されます。通常、トリフルオロメチル化剤と硫...
p-トールイルマグネシウムブロミドの物理化学的性質は何ですか?
p-トールイルマグネシウムブロミドのCAS番号は4294-57-9です。この化合物は白色の結晶性粉末で、分子量は204.32です。溶剤中で良好に溶解しますが、水...
1-(5-甲基-2-硫化素基)プロパン-1-酮の市場動向や研究トレンドはどうですか?
1-(5-甲基-2-硫化素基)プロパン-1-酮の市場動向は、化学産業全体の需要に影響を受けますが、最近では pharmaceutical 分野での応用が注目され...
十一碳烯酰甘氨酸を取り扱う際の実験室安全事項は何ですか?
十一碳烯酰甘氨酸は吸入や皮膚から吸収されることがあり、取り扱う際には防塵マスクと手袋を使用してください。ドラフトチャンバーを用いて漏洩を処理し、適切なSDS(S...
1H,1H-全氟-3,6-二氧杂葵-1-醇を取り扱う際の実験室安全事項は何ですか?
この化合物は吸入や皮膚吸収による毒性があるため、防塵マスク、ゴーグル、防護手袋を使用する必要があります。ドラフトチャンバーでの操作が必要です。漏洩時には即座に換...
3-(4-(フルオロメチルオキシ)フェニル)-1,2,4-オキサジアゾール-5-カルボハイドライドは安全ですか?
安全性は化合物の使用方法によります。直接的な毒性は報告されていませんが、吸入や皮膚接触には注意が必要です。適切な防護服を着用し、換気を図ることを推奨します。
掲載誌
Physical Chemistry Chemical Physics

Physical Chemistry Chemical Physics (PCCP) is an international journal co-owned by 19 physical chemistry and physics societies from around the world. This journal publishes original, cutting-edge research in physical chemistry, chemical physics and biophysical chemistry. To be suitable for publication in PCCP, articles must include significant innovation and/or insight into physical chemistry; this is the most important criterion that reviewers and Editors will judge against when evaluating submissions. The journal has a broad scope and welcomes contributions spanning experiment, theory, computation and data science. Topical coverage includes spectroscopy, dynamics, kinetics, statistical mechanics, thermodynamics, electrochemistry, catalysis, surface science, quantum mechanics, quantum computing and machine learning. Interdisciplinary research areas such as polymers and soft matter, materials, nanoscience, energy, surfaces/interfaces, and biophysical chemistry are welcomed if they demonstrate significant innovation and/or insight into physical chemistry. Joined experimental/theoretical studies are particularly appreciated when complementary and based on up-to-date approaches.










![1-oxaspiro[4.4]nonan-6-one structure 1-oxaspiro[4.4]nonan-6-one structure](https://static.chemtradehub.com/structs/134/134179-01-4-e051.webp)
![1-{3-[4-Amino-3-(4-phenoxyphenyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]-1-piperidinyl}-2,3-dihydroxy-1-propanone structure 1-{3-[4-Amino-3-(4-phenoxyphenyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]-1-piperidinyl}-2,3-dihydroxy-1-propanone structure](https://static.chemtradehub.com/structs/122/1226872-27-0-e037.webp)
![5'-Fluoro-[2,3'-biindolinylidene]-2',3-dione structure 5'-Fluoro-[2,3'-biindolinylidene]-2',3-dione structure](https://static.chemtradehub.com/structs/251/251903-00-1-9cb1.webp)

