Mapping a single-molecule folding process onto a topological space

文献情報

出版日 2019-08-22
DOI 10.1039/C9CP03175H
インパクトファクター 3.676
著者

Alireza Mashaghi


原文を見る

要旨

Physics of protein folding has been dominated by conceptual frameworks including the nucleation–propagation mechanism and the diffusion–collision model, and none address the topological properties of a chain during a folding process. Single-molecule interrogation of folded biomolecules has enabled real-time monitoring of folding processes at an unprecedented resolution. Despite these advances, the topology landscape has not been fully mapped for any chain. Using a novel circuit topology approach, we map the topology landscape of a model polymeric chain. Inspired by single-molecule mechanical interrogation studies, we restrained the ends of a chain and followed fold nucleation dynamics. We find that, before the nucleation, transient local entropic loops dominate. Although the nucleation length of globules is dependent on the cohesive interaction, the ultimate topological states of the collapsed polymer are largely independent of the interaction but depend on the speed of the folding process. After the nucleation, transient topological rearrangements are observed that converge to a steady-state, where the fold grows in a self-similar manner.

関連文献

Towards practical cells: combined use of titanium black as a cathode additive and sparingly solvating electrolyte for high-energy-density lithium–sulfur batteries

Jiali Liu, Shanglin Li, Mayeesha Marium, Binshen Wang, Kazuhide Ueno, Kaoru Dokko, Masayoshi Watanabe

2021-02-23 Paper

DOI: 10.1039/D1SE00042J

A facile method of selective dissolution for preparation of Co3O4/LaCoO3 as a bifunctional catalyst for Al/Zn–air batteries

Shanshan Yan, Liyang Wan, Yejian Xue, Guangjie Shao, Zhaoping Liu

2020-12-22 Paper

DOI: 10.1039/D0SE01636E

Comprehensive research on the solid, liquid, and gaseous products of rice husk and rice straw torrefaction

Chuanshuai Chen, Guozhao Ji, Lan Mu, Yutao Zhang, Aimin Li

2020-12-10 Paper

DOI: 10.1039/D0SE01701A

A hierarchical CoP@NiCo-LDH nanoarray as an efficient and flexible catalyst electrode for the alkaline oxygen evolution reaction

Wenli Tian, Jie Zhang, Hao Feng, Hao Wen, Xun Sun, Xin Guan, Dengchao Zheng, Jing Liao, Minglei Yan, Yadong Yao

2020-11-23 Communication

DOI: 10.1039/D0SE01490G

Long-term-stability continuous flow CO2 reduction electrolysers with high current efficiency

Yueyuan Gu, Jucai Wei, Jindong Li, Xu Wu

2020-12-08 Paper

DOI: 10.1039/D0SE01707H

Effect of thermal formation/dissociation cycles on the kinetics of formation and pore-scale distribution of methane hydrates in porous media: a magnetic resonance imaging study

Mehrdad Vasheghani Farahani, Xianwei Guo, Lunxiang Zhang, Mingzhao Yang, Aliakbar Hassanpouryouzband, Jiafei Zhao, Jinhai Yang, Yongchen Song, Bahman Tohidi

2021-02-08 Paper

DOI: 10.1039/D0SE01705A

Fine-tuning the water oxidation performance of hierarchical Co3O4 nanostructures prepared from different cobalt precursors

Avani Chunduri, Nainesh Patel, Dattatray S. Dhawale, Ajayan Vinu, Hind Aljohani

2021-01-06 Paper

DOI: 10.1039/D0SE01711F

Correction: Using high-throughput virtual screening to explore the optoelectronic property space of organic dyes; finding diketopyrrolopyrrole dyes for dye-sensitized water splitting and solar cells

Isabelle Heath-Apostolopoulos, Diego Vargas-Ortiz, Liam Wilbraham, Kim E. Jelfs, Martijn A. Zwijnenburg

2021-02-10 Correction

DOI: 10.1039/D1SE90005F

Simulation of bi-layer cathode materials with experimentally validated parameters to improve ion diffusion and discharge capacity

Ridwanur Chowdhury, Yan Zhao, Xinhua Liu, Nigel Brandon

2021-01-25 Paper

DOI: 10.1039/D0SE01611J

こちらもおすすめ

化合物よくある質問

H-Leu-Ser-Lys-Leu-OH trifluoroacetate saltに適用される法規ガイドラインは何ですか?

CAS番号162559-45-7のH-Leu-Ser-Lys-Leu-OH trifluoroacetate saltは、GHS( Chemicals Clas...

162559-45-7H-Leu-Ser-Lys-Leu-OH...
化合物よくある質問

Trimethyltin Chlorideの物理化学的性質は何ですか?

CAS番号1066-45-1のトリメチルチリドは、白色結晶性粉末で、分子量は297.77です。この化合物は水にわずかに溶けますが、酢酸、エタノール、ジエチルエー...

1066-45-1Trimethyltin Chlorid...
化合物よくある質問

ニコール酸化物水和物の主な用途は何ですか?

ニコール酸化物水和物は、主に金属分離、研磨剤、酸化剤、染料製造の原料として利用されます。また、電気化学製品、触媒、分析化学の分野でも広く使用されています。

7789-49-3Nickel(II) Bromide T...
化合物よくある質問

(2,3-二甲基-2H-吲唑-6-基)boronic acidを取り扱う際の実験室安全事項は何ですか?

(2,3-二甲基-2H-吲唑-6-基)boronic acidを取り扱う際は、PPE(防護服、ゴーグル、マスク、手袋)を使用する必要があります。ドラフトチャンバ...

1253912-00-3(2,3-dimethyl-2H-ind...
化合物よくある質問

4-ブロモ-1-メトキシ-2-(2-メトキシエトオキシ)ベンゼンは安全ですか?

4-ブロモ-1-メトキシ-2-(2-メトキシエトオキシ)ベンゼンは一般的に安全とは言えません。取扱いには注意が必要で、直接的な皮膚接触や吸入は避けてください。

1132672-05-94-Bromo-1-methoxy-2-...
化合物よくある質問

4,4-双(5-甲基-2-苯并噁唑基)二苯乙烯はどの業界で使用されていますか?

4,4-双(5-甲基-2-苯并噁唑基)二苯乙烯は医薬業界、ポリマー業界、センサー業界、半導体業界で使用されています。特に、光触媒や蛍光材料として利用されています...

2397-00-42,2'-(1,2-Ethenediyl...
化合物よくある質問

2,3,5,6-四氯-4-ピリジンスチオールを取り扱う際の実験室安全事項は何ですか?

2,3,5,6-四氯-4-ピリジンスチオールは非常に毒性があり、皮膚や粘膜に刺激を与える可能性があります。取り扱う際には、ゴーグル、ゴム手袋、防塵マスクを着用し...

10351-06-12,3,5,6-Tetrachloro-...
化合物よくある質問

替米沙坦ナトリウムとは何ですか?

替米沙坦ナトリウム(CAS番号: 515815-47-1)は、血管張力素II受容体拮抗薬として機能する医薬品で、高血圧症の治療に使用されます。

515815-47-1Telmisartan sodium
化合物よくある質問

TG 4-155はどのように合成されますか?

TG 4-155は、2-(2-メチル-1H-インドン-1-イル)エチルアミドと3,4,5-トリメトキシフェノールを反応させ、選択性的に合成できます。一般的には、...

1164462-05-8(2E)-N-[2-(2-Methyl-...
化合物よくある質問

エチルヒドロキシキニリン-6-カルボキシ酸は適用される法規ガイドラインは何ですか?

エチルヒドロキシキニリン-6-カルボキシ酸のCAS番号1261631-01-9は、GHS分類の第2クラスの腐食物質(皮膚に強い腐食性)に分類されます。また、EU...

1261631-01-9Ethyl 7-Hydroxyquino...

掲載誌

Physical Chemistry Chemical Physics

Physical Chemistry Chemical Physics
CiteScore: 5.5
自己引用率: 10.3%
年間論文数: 3036

Physical Chemistry Chemical Physics (PCCP) is an international journal co-owned by 19 physical chemistry and physics societies from around the world. This journal publishes original, cutting-edge research in physical chemistry, chemical physics and biophysical chemistry. To be suitable for publication in PCCP, articles must include significant innovation and/or insight into physical chemistry; this is the most important criterion that reviewers and Editors will judge against when evaluating submissions. The journal has a broad scope and welcomes contributions spanning experiment, theory, computation and data science. Topical coverage includes spectroscopy, dynamics, kinetics, statistical mechanics, thermodynamics, electrochemistry, catalysis, surface science, quantum mechanics, quantum computing and machine learning. Interdisciplinary research areas such as polymers and soft matter, materials, nanoscience, energy, surfaces/interfaces, and biophysical chemistry are welcomed if they demonstrate significant innovation and/or insight into physical chemistry. Joined experimental/theoretical studies are particularly appreciated when complementary and based on up-to-date approaches.

おすすめサプライヤー

免責事項
このページに表示される学術雑誌情報は、参考および研究目的のみを目的としています。当社は雑誌出版社とは提携しておらず、投稿の取り扱いも行っておりません。出版に関するお問い合わせは、各雑誌出版社に直接ご連絡ください。
表示されている情報に誤りがある場合は、support@chemtradehub.com までご連絡ください。迅速に確認し、対応いたします。