Physics of protein–DNA interactions: mechanisms of facilitated target search

文献情報

出版日 2010-11-29
DOI 10.1039/C0CP01966F
インパクトファクター 3.676
著者


原文を見る

要旨

One of the most critical aspects of protein–DNA interactions is the ability of protein molecules to quickly find and recognize specific target sequences on DNA. Experimental measurements indicate that the corresponding association rates to few specific sites among large number of non-specific sites are typically large. For some proteins they might be even larger than maximal allowed three-dimensional diffusion rates. Although significant progress in understanding protein search and recognition of targets on DNA has been achieved, detailed mechanisms of these processes are still strongly debated. Here we present a critical review of current theoretical approaches and some experimental observations in this area. Specifically, the role of lowering dimensionality, non-specific interactions, diffusion along the DNA molecules, protein and target sites concentrations, and electrostatic effects are critically analyzed. Possible future directions and outstanding problems are also presented and discussed.

関連文献

Back cover

Cover

DOI: 10.1039/C8PY90025F

Highly efficient polymer solar cells with a thienopyrroledione and benzodithiophene containing planar random copolymer

Taehyo Kim, Ji Young Lee, Jungwoo Heo, Bogyu Lim

2018-02-09 Paper

DOI: 10.1039/C8PY00037A

A design strategy for the construction of 2D heteropore covalent organic frameworks based on the combination of C2v and D3h symmetric building blocks

En-Cheng Liu, Qiao-Yan Qi, Kaijia Xu, Guo-Fang Jiang, Xin Zhao

2017-12-18 Communication

DOI: 10.1039/C7PY01927K

Polyetheramine (PEA): a versatile platform to tailor the properties of hydrogels via H-bonding interactions

Changxu Zhang, Zhiyong Liu, Xinhui Zhang, Zixing Shi, Hongjie Xu, Xiaodong Ma, Jie Yin, Ming Tian

2017-07-25 Paper

DOI: 10.1039/C7PY01105A

Block poly(arylene ether sulfone) copolymers tethering aromatic side-chain quaternary ammonium as anion exchange membranes

Xueliang Zhang, Qian Shi, Pei Chen, Jinfang Zhou, Songsong Li, Hua Xu, Xinbing Chen

2017-12-18 Paper

DOI: 10.1039/C7PY01558E

Bio-inspired peptide decorated dendrimers for a robust antibacterial coating on hydroxyapatite

Xiao Yang, Libang He, Xinyuan Xu, Yanpeng Liu, Yuebo Liu, Yuan Gao, Qin Huang, Kunneng Liang, Chunmei Ding, Jiyao Li, Changsheng Zhao, Jianshu Li

2017-06-23 Paper

DOI: 10.1039/C7PY00811B

ATRP synthesis of polyallene-based amphiphilic triblock copolymer

Guolin Lu, Hao Guo, Xiaoyu Huang

2017-10-30 Paper

DOI: 10.1039/C7PY01666B

All-acrylic superelastomers: facile synthesis and exceptional mechanical behavior

Wei Lu, Andrew Goodwin, Yangyang Wang, Panchao Yin, Weiyu Wang, Jiahua Zhu, Ting Wu, Xinyi Lu, Bin Hu, Kunlun Hong, Nam-Goo Kang, Jimmy Mays

2017-10-17 Paper

DOI: 10.1039/C7PY01518F

こちらもおすすめ

化合物よくある質問

2,3-スチオエポキシマドルを取り扱う際の実験室安全事項は何ですか?

取り扱いにはPPE(プロテクティブ・パーソナル・エイド)が必要で、防ぐ手袋と保護眼鏡を着用してください。ドラフトチャンバーの使用を推奨します。漏洩した場合は、適...

4267-80-52,3-Thioepoxy Madol
化合物よくある質問

6-氟-2-氨基苯酚の主な用途は何ですか?

6-氟-2-氨基苯酚は主に医薬品の合成材料として使用され、一部の農薬の製造にも利用されます。また、研究用途でも広く使用されています。

53981-25-22-Amino-6-fluorophen...
化合物よくある質問

BOC-S-3-アミニ-4-(4-メチオキシベンチル)-ブタン酸の代替品はありますか?

この化合物の代替品としては、BOC保護基を有さないアミノ酸やその他の保護基化合物が考えられます。また、メチオキシ基を有しない他の芳香族アミノ酸も代替品として挙げ...

126800-59-7(3S)-4-(4-Methoxyphe...
化合物よくある質問

Methyl 2-(chloromethyl)-3-nitrobenzoate(1218910-61-2)の代替品はありますか?

Methyl 2-(chloromethyl)-3-nitrobenzoate(1218910-61-2)の代替品としては、化学組成を変えることで効果を達成する...

1218910-61-2Methyl 2-(chlorometh...
化合物よくある質問

(2R)-2-アミノ-N-ベンジル-3-ヒドロキシプロパナミドを含む廃棄物はどのように処理すべきですか?

(2R)-2-アミノ-N-ベンジル-3-ヒドロキシプロパナミドを含む廃棄物は、適切な廃棄物管理ガイドラインに基づき処理する必要があります。まず、廃棄物を適切に収...

175481-39-7(2R)-2-amino-N-benzy...
化合物よくある質問

6,7-二氢-咪唑並[1,2-a]ピリドイン-8(5h)-酮はどのように合成されますか?

6,7-二氢-咪唑並[1,2-a]ピリドイン-8(5h)-酮は、2-ブロモフェニルアセトインとリン酸ハロゲン化物を反応させることで合成できます。この反応は高温で...

457949-09-66,7-Dihydroimidazo[1...
化合物よくある質問

エチル(3R)-3-ピロリジニル酢酸水和塩とは何ですか?

エチル(3R)-3-ピロリジニル酢酸水和塩は、CAS番号1332459-32-1の化合物で、(R)-乙基2-(ピロリジン-3-基)酢酸塩水和塩と呼ばれます。この...

1332459-32-1Ethyl (3R)-3-pyrroli...
化合物よくある質問

(2S)-{[(2-メチルエチルオキシ]カルボニル}アミノ)[2-(トリアフルオロメチルフェニル]エチカシック酸の物理化学的性質は何ですか?

(2S)-{[(2-メチルエチルオキシ]カルボニル}アミノ)[2-(トリアフルオロメチルフェニル]エチカシック酸のCAS番号は1203454-45-8です。この...

1203454-45-8(2S)-({[(2-Methyl-2-...
化合物よくある質問

2-ブロモ-1-(2-メチル-2-プロパニル)-4-ニトロベンゼンはどのように保存すればよいですか?

2-ブロモ-1-(2-メチル-2-プロパニル)-4-ニトロベンゼンは、直射日光を避けて暗所で、室温(約15℃〜25℃)、乾燥した場所に保存する必要があります。ま...

6310-17-42-Bromo-1-(2-methyl-...
化合物よくある質問

1-[(4-硝基フェニル)スルホニル]-1H-1,2,4-三唑の市場動向や研究トレンドはどうですか?

市場動向としては、1-[(4-硝基フェニル)スルホニル]-1H-1,2,4-三唑は主に農業用除草剤や合成化学製品の原料として利用されています。研究トレンドとして...

57777-84-11-[(4-Nitrophenyl)su...

掲載誌

Physical Chemistry Chemical Physics

Physical Chemistry Chemical Physics
CiteScore: 5.5
自己引用率: 10.3%
年間論文数: 3036

Physical Chemistry Chemical Physics (PCCP) is an international journal co-owned by 19 physical chemistry and physics societies from around the world. This journal publishes original, cutting-edge research in physical chemistry, chemical physics and biophysical chemistry. To be suitable for publication in PCCP, articles must include significant innovation and/or insight into physical chemistry; this is the most important criterion that reviewers and Editors will judge against when evaluating submissions. The journal has a broad scope and welcomes contributions spanning experiment, theory, computation and data science. Topical coverage includes spectroscopy, dynamics, kinetics, statistical mechanics, thermodynamics, electrochemistry, catalysis, surface science, quantum mechanics, quantum computing and machine learning. Interdisciplinary research areas such as polymers and soft matter, materials, nanoscience, energy, surfaces/interfaces, and biophysical chemistry are welcomed if they demonstrate significant innovation and/or insight into physical chemistry. Joined experimental/theoretical studies are particularly appreciated when complementary and based on up-to-date approaches.

おすすめサプライヤー

免責事項
このページに表示される学術雑誌情報は、参考および研究目的のみを目的としています。当社は雑誌出版社とは提携しておらず、投稿の取り扱いも行っておりません。出版に関するお問い合わせは、各雑誌出版社に直接ご連絡ください。
表示されている情報に誤りがある場合は、support@chemtradehub.com までご連絡ください。迅速に確認し、対応いたします。