Structural classification of the amide I sites of a β-hairpin with isotope label 2DIRspectroscopy

文献情報

出版日 2010-07-01
DOI 10.1039/B925645H
インパクトファクター 3.676
著者

Santanu Roy, Thomas L. C. Jansen, Jasper Knoester


原文を見る

要旨

We present a theoretical study of the possibility to use isotope label two-dimensional infrared (2DIR) spectroscopy to obtain site specific structural information in trpzip2. This small β-hairpin peptide was designed as a model system for studying protein folding in β-sheet structures. In order to unravel the folding mechanism, the surroundings of local sites should be characterized, which in principle is possible by using 2DIR in combination with isotope labeling. This requires a classification that correlates local structures to two-dimensional spectra. To this end, we provide the first spectral simulation of the isotope label spectra of all the amide I sites in trpzip2. We find that the anti-diagonal width of the 2DIR peak associated with a labelled site is a good measure of solvent exposure and the key parameter to distinguish between solvent exposed and internal sites. The diagonal widths are not particularly sensitive to this, but they do reveal the presence of slowly interconverting turn structures.

関連文献

Evolutionary structure prediction-assisted design of anode materials for Ca-ion battery based on phosphorene

Chandra Chowdhury, Pranab Gain, Ayan Datta

2021-03-24 Paper

DOI: 10.1039/D1CP00094B

Where do the counterions go? Tip-induced dissociation of self-assembled triazatriangulenium-based molecules on Au(111)

S. Snegir, Y. J. Dappe, D. Sysoiev, O. Pluchery, T. Huhn, E. Scheer

2021-03-18 Paper

DOI: 10.1039/D1CP00221J

Strain-driven phase transition and spin polarization of Re-doped transition-metal dichalcogenides

Rui-Ning Wang, Chen-Dong Jin, Hu Zhang, Ru-Qian Lian, Xing-Qiang Shi, Jiang-Long Wang

2021-03-30 Paper

DOI: 10.1039/D1CP00640A

Revealing the electronic structure, heterojunction band offset and alignment of Cu2ZnGeSe4: a combined experimental and computational study towards photovoltaic applications

Sachin R. Rondiya, Yogesh A. Jadhav, Russell W. Cross, Hirendra N. Ghosh, Thomas E. Davies, Sandesh R. Jadkar, Nelson Y. Dzade

2021-04-01 Paper

DOI: 10.1039/D0CP06143C

Nonlinear light absorption in many-electron systems excited by an instantaneous electric field: a non-perturbative approach

Stefano Pittalis, Alice Ruini, Carlo Andrea Rozzi

2021-04-14 Paper

DOI: 10.1039/D0CP04958A

Conformation-changing enzymes and macromolecular crowding

Tomasz Skóra, Mihail N. Popescu

2021-03-25 Communication

DOI: 10.1039/D0CP06631A

Reaction mechanism of atomic layer deposition of aluminum sulfide using trimethylaluminum and hydrogen sulfide

Yanghong Yu, Zhongchao Zhou, Lina Xu, Yihong Ding, Guoyong Fang

2021-04-06 Paper

DOI: 10.1039/D1CP00864A

Reversed selectivity of photocatalytic CO2 reduction over metallic Pt and Pt(ii) oxide cocatalysts

Junyi Wang, Youzi Li, Jiangting Zhao, Zhuo Xiong, Junying Zhang, Yongchun Zhao

2021-03-31 Paper

DOI: 10.1039/D1CP00407G

こちらもおすすめ

化合物よくある質問

2-メトキシ-4-(メチルスルフィニル)アミンの主な用途は何ですか?

2-メトキシ-4-(メチルスルフィニル)アミンは、主に医薬品および農薬の製造に使用されます。また、合成化学の一部として研究用材料としても利用されます。

41608-73-52-Methoxy-4-(methyls...
化合物よくある質問

4-溴甲基-3-甲氧基苯甲酸は安全ですか?

安全ではありません。触覚や吸入に注意が必要で、適切な防護具を使用してください。

118684-13-24-(Bromomethyl)-3-me...
化合物よくある質問

4,6-二氯-N-甲基ピラミジンアミンの代替品はありますか?

代替品としては、4,6-二クロロピラミジンアミンや他のピラミジン系化合物が考えられます。ただし、目的と用途によって最適な代替品は異なります。

10397-15-64,6-Dichloro-N-methy...
化合物よくある質問

6-氯-4-甲基-1H-吲哚を含む廃棄物はどのように処理すべきですか?

6-氯-4-甲基-1H-吲哚の廃棄物は、適切な容器に収集し、密閉して保管します。温度は常温、湿度は低く、直射日光を避けて保管することを推奨します。廃棄処理は専門...

885520-84-36-chloro-4-methyl-1H...
化合物よくある質問

2-フローユロ-4-(トリフルオロメチル)ベンゾイドについて「に適用される法規ガイドラインは何ですか」

2-フローユロ-4-(トリフルオロメチル)ベンゾイドのCAS番号は207974-08-1です。この化合物はGHS分類で毒性物質と有害な反応物質として分類されます...

207974-08-1[2-Fluoro-4-(trifluo...
化合物よくある質問

4-ニトロフェニルN-[(ベンゼルオキシルカーボンイル]グリシングリシングリシン酸はどのように保存すればよいですか?

4-ニトロフェニルN-[(ベンゼルオキシルカーボンイル]グリシングリシングリシン酸は、室温で暗所に保管し、乾燥した環境で保存することを推奨します。容器は密閉性の...

19811-64-44-Nitrophenyl N-[(be...
化合物よくある質問

イソデスロラタドリンの代替品はありますか?

イソデスロラタドリンの代替品としては、デスロラタドリンや他の抗ヒスタミン薬が挙げられます。具体的には、デスロラタドリン、ラセカミド、フェルタドリンなどが、症状や...

183198-49-4Iso Desloratadine
化合物よくある質問

5-甲氧基-1,2,3,4-四氢异喹啉盐酸盐はどのように合成されますか?

5-甲氧基-1,2,3,4-四氢异喹啉盐酸盐の一般的な合成方法は、メタノール中で5-メトキシ-1,2,3,4-四ヒュドロイソキシンを塩酸で塩化します。この反応で...

103030-69-95-Methoxy-1,2,3,4-te...
化合物よくある質問

4-アミノ-5-メトキシ-2-トルエンサルホニック酸についての法規ガイドラインは何ですか?

CAS番号6471-78-9の4-アミノ-5-メトキシ-2-トルエンサルホニック酸は、GHS分類では corrosive(腐食性)と識別されます。EUのREAC...

6471-78-94-Amino-5-Methoxy-2-...
化合物よくある質問

甲基孕酮を取り扱う際の実験室安全事項は何ですか?

甲基孕酮の取り扱いは、PPE(個人保護具)の使用が必要な重要な安全事項を伴います。防塵マスク、ゴーグル、手袋を着用することが推奨されます。ドラフトチャンバーを使...

204063-33-22-[(Diphenylmethyl)a...

掲載誌

Physical Chemistry Chemical Physics

Physical Chemistry Chemical Physics
CiteScore: 5.5
自己引用率: 10.3%
年間論文数: 3036

Physical Chemistry Chemical Physics (PCCP) is an international journal co-owned by 19 physical chemistry and physics societies from around the world. This journal publishes original, cutting-edge research in physical chemistry, chemical physics and biophysical chemistry. To be suitable for publication in PCCP, articles must include significant innovation and/or insight into physical chemistry; this is the most important criterion that reviewers and Editors will judge against when evaluating submissions. The journal has a broad scope and welcomes contributions spanning experiment, theory, computation and data science. Topical coverage includes spectroscopy, dynamics, kinetics, statistical mechanics, thermodynamics, electrochemistry, catalysis, surface science, quantum mechanics, quantum computing and machine learning. Interdisciplinary research areas such as polymers and soft matter, materials, nanoscience, energy, surfaces/interfaces, and biophysical chemistry are welcomed if they demonstrate significant innovation and/or insight into physical chemistry. Joined experimental/theoretical studies are particularly appreciated when complementary and based on up-to-date approaches.

おすすめサプライヤー

免責事項
このページに表示される学術雑誌情報は、参考および研究目的のみを目的としています。当社は雑誌出版社とは提携しておらず、投稿の取り扱いも行っておりません。出版に関するお問い合わせは、各雑誌出版社に直接ご連絡ください。
表示されている情報に誤りがある場合は、support@chemtradehub.com までご連絡ください。迅速に確認し、対応いたします。